Peraturan desa (Perdes) terkait pengelolaan sungai dimungkinkan untuk diterbitkan oleh pemerintahan desa. Peran pemerintahan desa sangat strategis dalam pengelolaan sungai, khususnya dalam hal penataan bangunan di sepanjang sungai, pembuangan limbah ke sungai, maupun konflik terkait pemanfaatan sungai.